توضیحات
پروژه پاورپوینت موضوع کاربرد رایانه در مدلسازی پروتئین ها
فهرست بخشی از مطالب:
- Sequence Database
- Proteins from
Natural Organisms - Similar Sequence Similar Structure
- Ligands from Natural
Sources or Synthesis - Generic mdp file for energy minimization
- Methods
- free rotation
- Scoring function
- قوانين مکانيک آماري
- Crystallization
X-Ray - پتانسيل کشش پيوند
- طبيعت هميشه ته چاه انرژي پتانسيل است
- اتم گونه( Atom type )
- آشنايي با برنامه GROMACS
- Some of the docking programs currently in use are
- File Formats
- gas constant
- Predicting binding affinities
- Calculation of receptor binding affinity (KD) of new ligand
- E=k(t)+u(t)
- complex, intensive
- ميدان نيرو(Force field)
- محاسبه ثابت دی الکتريک موثر محيط
- Molecular Biology
- حرکت
- عوامل موثر درحلاليـت پروتئين ها
- انواع کلي ميدان نيرو
- genbox
- Energy Minimization
- Steepest Descent
- The most challenging aspect of drug design
- چند مثال از کاربرد هاي صنعتي شبيه سازي
- DSint
- PES
- pH ايزو الکتريک يک پروتئين (PI)
- DGbinding = f (Interactions)
- (a) Free energy perturbation
- Days to weeks on even the fastest
computers - Creating a random population
- Temperature
- Equilibrium
dissociation
constant - Expression
- Improper torsions and out of plane bending motions
- پتانسيل چرخش نامتعارف
- Scoring
functions - ?
- Force Field
- تعيين خواص ماکروسکوپي سامانه
- – انرژی پيوند هيدروژني
- Grid
- Quantum Chemical
- شبيه سازی (هم رفتاري يا هم کرداري)
- bound water
- گام زماني
- Elitism
- نیروی کوتاه برد
- DSvib
- پيوند واندر والسی
- زمان ارتعاش و چرخش پيوند ها
- Binding free energy
- نظم مولکولهاي محيط α ε
- pKa محلي
- طول پيوند هيدروژني
- Maximum generations or maximum number of energy evaluation
- نیروی بلند برد
- Docking procedures
- شکل چهار بعدي
- شتاب هر اتم
- پيوند هيدروژنی
- target
- How does GA
Act in AutoDock? - Empirical scoring function
- scoring function
- کاربرد رايانه در مدلسازي پروتئين ها
- ناهمگن بودن محيط بين بار های الکتريکی
- Programs
- Rigid Root
- Ligand in
solution - Biophysics
- روشهاي بهينه کردن ِِ يا Minimization
- هنگردهاي ترموديناميکي
- One examples
- loosely associated
water molecules - Hybrid of GA and LS(local Search)
- Types of Molecular Descriptors
- Next Generation
- Electrostatic
- ميانکنش های الکترو استاتيک
- Biocomputing
- mdrun
- Position-restrained MD
- Knowledge – Based
Modelling and Design - DHLW
- Site-Directed
Mutagenesis - DGbind= +aHB + bLIPO +gROT + dBP +eDESOLV
- ثابت دي الکتريک محيط α حل شوندگي پروتئين
- DHRW
- نيروی الکتريکی
- Flexible Docking
- انرژي پيوند هيدروژني
- pKa آسپارتيک ، گلوتاميک
- کمیت های مهم در شبیه سازی
- Protein-Ligand Binding (Docking)
- DON’T
- Free energy
- Search
algorithms - کاسه پتانسيل
- Mutation
- Protein-Ligand
Complex - حمام فشار
- مزاياي روشهاي محاسباتي و مدلسازي
- پتانسيل چرخش يا زاويه ديهدرال متعارف
- Crossover
- Receptor-Ligand complex
- Empirical free energy scoring functions
- STEFAN FISCHER
- MD challenges
- *.mdp
- موتورهاي پروتئيني
- Fi=miai
- Organic chemistry
- Genetic algorithms
- متناظر
- ميدان نيروي گروهي
- Molecular mechanics force fields
- CD, NMR
- Preparative Biochemistry
Assay, Characterization - پتانسيل خمش زوايا
- Lamarckian genetic algorithm
- کاربرد روشهاي محاسباتي در دارو سازي
- PI-pH بار پروتئين = محيط
- انواع ميدانهای نيرو
- Monte Carlo Simulated annealing
- الگوريتم هاي جمع بندي معادله حرکت
- Entropy
- شيمي محاسباتي
- Conjugate Peak Refinement
- پتانسيل هاي غير پيوندي
- محاسبه انرژي آزاد بکمک شبيه سازي
- پتانسيل هاي ترکيبي
- Examples and Success Stories
- مثال
- Monte Carlo Simulated Annealing
- (d) Protein–ligand hydrogen-bonds
- کاربردها و چالش هاي شبيه سازي ديناميک مولکولي
- buried-polar
repulsive term - هنگرد هاي ترموديناميکي
- پتانسيل هاي ويژه
- editconf
- Gene
Cloning - يا ترموستات حمام دمايي
- ماهيت الکتروستاتيک دارد
– بين هيدروژن و الکترون گيرنده
- Hybrid descriptors
- Build the lock, then find the key
- Lamarckian Genetic Algorithm
- Molecular docking
- به دمای محيط بستگی دارد
- پتانسيل الکتريکي
- Average
- DG = DH-TDS
- Application of MD simulations
- Active Site
- ΔGhyd
- *.pdb
- Homology
Modeling - Based on recrystalization process
- The more flexible the less buried
- Docking
- نيروي الکتريکي
- grompp (pre-processor program)
- Mapping
- Φ زاويه چرخشي و n چندگانگي (multiplicity) است
- Enthalpy
- Simulation by
EM, MD, … - تحليل Normal Mode
- Docking procedure
- Docking procedure
- ميدان الکتريکی (نيوتن بر کولن)
- نحوه بدست آوردن Pka
- مقدمه
- مدل
- (Rognan et al., J. Comput-Aided Mol. Design)
- computer-aided design and drafting
- *.trr
- search algorithm
- Proportion selection
- DHLR
- free water
- زوايه چرخشي يا ديهدرال
- Medicinal
Chemistry - شعاع قطع در ميانکنش هاي دور برد
- Estimation of the free energy of binding
- DSW
- اگر pH محيط= pKa باشد
- Gene
synthesis - شرايط مرزی دوره اي
- پتانسيل باکينگهام
- Build or Find the key that fits the lock
- شبيه سازي مونت کارلو
- and other
- DSrt
- Computer Graphics
- جايگاه مدل سازی و بيوفيزيک در زيست شناسی
- قطبی بودن مولکولهای محيط α ε
- e.g. PTS EI-binding oligopeptide (KISRHGRPTG)
- template
- gmxcheck
- Target functions
- شیوه اندازه گیری کمیت ها
- Very difficult and critical for drug design
- Why is it difficult to predict binding affinities
- Global minimum
- مدل براي مولکول
- به نام خدا
- Receptor
نقد و بررسیها
هنوز بررسیای ثبت نشده است.