پروژه پاورپوینت موضوع کاربرد رایانه در مدلسازی پروتئین ها

فهرست بخشی از مطالب:

• Sequence Database
• Proteins from
  Natural Organisms
• Similar Sequence  Similar Structure
• Ligands from Natural
  Sources or Synthesis
• Generic mdp file for energy minimization
• Methods
• free rotation
• Scoring function
• قوانين مکانيک آماري
• Crystallization
  X-Ray
• پتانسيل کشش پيوند
• طبيعت هميشه ته چاه انرژي پتانسيل است
• اتم گونه( Atom type )
• آشنايي با برنامه GROMACS
• Some of the docking programs currently in use are
• File Formats
• gas constant
• Predicting binding affinities
• Calculation of receptor binding affinity (KD) of new ligand
• E=k(t)+u(t)
• complex, intensive
• ميدان نيرو(Force field)
• محاسبه ثابت دی الکتريک موثر محيط
• Molecular Biology
• حرکت
• عوامل موثر درحلاليـت پروتئين ها
• انواع کلي ميدان نيرو
• genbox
• Energy Minimization
• Steepest Descent
• The most challenging aspect of drug design
• چند مثال از کاربرد هاي صنعتي شبيه سازي
• DSint
• PES
• pH ايزو الکتريک يک پروتئين (PI)
• DGbinding = f (Interactions)
• (a) Free energy perturbation
• Days to weeks on even the fastest
  computers
• Creating a random population
• Temperature
• Equilibrium
  dissociation
  constant
• Expression
• Improper torsions and out of plane bending motions
• پتانسيل چرخش نامتعارف
• Scoring
  functions
• ?
• Force Field
• تعيين خواص ماکروسکوپي سامانه
• – انرژی پيوند هيدروژني
• Grid
• Quantum Chemical
• شبيه سازی (هم رفتاري يا هم کرداري)
• bound water
• گام زماني
• Elitism
• نیروی کوتاه برد
• DSvib
• پيوند واندر والسی
• زمان ارتعاش و چرخش پيوند ها
• Binding free energy
• نظم مولکولهاي محيط α ε
• pKa محلي
• طول پيوند هيدروژني
• Maximum generations or maximum number of energy evaluation
• نیروی بلند برد
• Docking procedures
• شکل چهار بعدي
• شتاب هر اتم
• پيوند هيدروژنی
• target
• How does GA
  Act in AutoDock?
• Empirical scoring function
• scoring function
• کاربرد رايانه در مدلسازي پروتئين ها
• ناهمگن بودن محيط بين بار های الکتريکی
• Programs
• Rigid Root
• Ligand in
  solution
• Biophysics
• روشهاي بهينه کردن ِِ يا Minimization
• هنگردهاي ترموديناميکي
• One examples
• loosely associated
  water molecules
• Hybrid of GA and LS(local Search)
• Types of Molecular Descriptors
• Next Generation
• Electrostatic
• ميانکنش های الکترو استاتيک
• Biocomputing
• mdrun
• Position-restrained MD
• Knowledge – Based
  Modelling and Design
• DHLW
• Site-Directed
  Mutagenesis
• DGbind= +aHB + bLIPO +gROT + dBP +eDESOLV
• ثابت دي الکتريک محيط α حل شوندگي پروتئين
• DHRW
• نيروی الکتريکی
• Flexible Docking
• انرژي پيوند هيدروژني
• pKa آسپارتيک ، گلوتاميک
• کمیت های مهم در شبیه سازی
• Protein-Ligand Binding (Docking)
• DON’T
• Free energy
• Search
  algorithms
• کاسه پتانسيل
• Mutation
• Protein-Ligand
  Complex
• حمام فشار
• مزاياي روشهاي محاسباتي و مدلسازي
• پتانسيل چرخش يا زاويه ديهدرال متعارف
• Crossover
• Receptor-Ligand complex
• Empirical free energy scoring functions
• STEFAN FISCHER
• MD challenges
• *.mdp
• موتورهاي پروتئيني
• Fi=miai
• Organic chemistry
• Genetic algorithms
• متناظر
• ميدان نيروي گروهي
• Molecular mechanics force fields
• CD, NMR
• Preparative Biochemistry
  Assay, Characterization
• پتانسيل خمش زوايا
• Lamarckian genetic algorithm
• کاربرد روشهاي محاسباتي در دارو سازي
• PI-pH بار پروتئين = محيط
• انواع ميدانهای نيرو
• Monte Carlo Simulated annealing
• الگوريتم هاي جمع بندي معادله حرکت
• Entropy
• شيمي محاسباتي
• Conjugate Peak Refinement
• پتانسيل هاي غير پيوندي
• محاسبه انرژي آزاد بکمک شبيه سازي
• پتانسيل هاي ترکيبي
• Examples and Success Stories
• مثال
• Monte Carlo Simulated Annealing
• (d) Protein–ligand hydrogen-bonds
• کاربردها و چالش هاي شبيه سازي ديناميک مولکولي
• buried-polar
  repulsive term
• هنگرد هاي ترموديناميکي
• پتانسيل هاي ويژه
• editconf
• Gene
  Cloning
• يا ترموستات حمام دمايي
• ماهيت الکتروستاتيک دارد

  – بين هيدروژن و الکترون گيرنده

• Hybrid descriptors
• Build the lock, then find the key
• Lamarckian Genetic Algorithm
• Molecular docking
• به دمای محيط بستگی دارد
• پتانسيل الکتريکي
• Average
• DG = DH-TDS
• Application of MD simulations
• Active Site
• ΔGhyd
• *.pdb
• Homology
  Modeling
• Based on recrystalization process
• The more flexible the less buried
• Docking
• نيروي الکتريکي
• grompp (pre-processor program)
• Mapping
• Φ زاويه چرخشي و n چندگانگي (multiplicity) است
• Enthalpy
• Simulation by
  EM, MD, …
• تحليل Normal Mode
• Docking procedure
• Docking procedure
• ميدان الکتريکی (نيوتن بر کولن)
• نحوه بدست آوردن Pka
• مقدمه
• مدل
• (Rognan et al., J. Comput-Aided Mol. Design)
• computer-aided design and drafting
• *.trr
• search algorithm
• Proportion selection
• DHLR
• free water
• زوايه چرخشي يا ديهدرال
• Medicinal
  Chemistry
• شعاع قطع در ميانکنش هاي دور برد
• Estimation of the free energy of binding
• DSW
• اگر pH محيط= pKa باشد
• Gene
  synthesis
• شرايط مرزی دوره اي
• پتانسيل باکينگهام
• Build or Find the key that fits the lock
• شبيه سازي مونت کارلو
• and other
• DSrt
• Computer Graphics
• جايگاه مدل سازی و بيوفيزيک در زيست شناسی
• قطبی بودن مولکولهای محيط α ε
• e.g. PTS EI-binding oligopeptide (KISRHGRPTG)
• template
• gmxcheck
• Target functions
• شیوه اندازه گیری کمیت ها
• Very difficult and critical for drug design
• Why is it difficult to predict binding affinities
• Global minimum
• مدل براي مولکول
• به نام خدا
• Receptor